Next Generation Sequencing - NGS
Alle gewenste genen worden door middel van whole genome sequencing (WGS) geanalyseerd. Rapportage van DNA varianten vindt plaats op basis van wetenschappelijke literatuur, in silico predictieprogramma’s, nationale en internationale databases. Bij deze DNA analyse wordt ook gebruik gemaakt van verstrekte klinische gegevens en de familieanamnese.
Door eventueel het genetisch materiaal van de biologische ouders met dezelfde methode te onderzoeken, kunnen ook nieuw ontstane ziekteveroorzakende varianten worden gerapporteerd.
Het laboratorium van de sectie Genoomdiagnostiek biedt twee vormen van analyse met Next Generation Sequencing (NGS) aan:
- Genpaneldiagnostiek (inclusief copy number variatie (CNV) analyse), waarbij een geselecteerde groep genen, passend bij de klinische indicatie, wordt onderzocht.
- Genoombrede analyse, waarbij alle bekende eiwitcoderende genen worden onderzocht.
Diagnostiek aanvragen uitklapper, klik om te openen
Bent u behandelend arts, dan kunt u hier erfelijkheidsonderzoek aanvragen (zowel moleculaire als cytogenetische diagnostiek).
Start aanvraag: Zoek uw test, vul online het formulier in, print uit en verstuur met het materiaal.
NGS genpanels - zoektool uitklapper, klik om te openen
Klik hier voor inhoud en dekkingsinfo per panel
NGS genpanel specificaties - in excel formaat
WGS technologie uitklapper, klik om te openen
Whole genome sequencing (WGS) techniek
Het gehele genoom wordt in kaart gebracht door DNA te sequencen. Het DNA wordt hierbij in kleine stukjes van bijvoorbeeld 2x150 basen (reads) gelezen. Onze sequencing faciliteit maakt gebruik van het NovaSeq X Plus systeem.
Genpanel diagnostiek - specifiek voor een set genen
Voor ieder gen dat binnen een genpanel valt wordt een CNV analyse uitgevoerd, hetgeen in zeldzame gevallen kan leiden tot een nevenbevinding.
Voor sommige genpanels zijn zogenaamde core-genen gedefinieerd. Deze genen worden getest met een aan Sanger/MLPA-diagnostiek vergelijkbare sensitiviteit (zie ook Weiss et al., Hum Mutat. 2013 Oct;34(10):1313-21). Aanvullende MLPA-analyses voor de detectie van grotere deleties en/of duplicaties zijn voor een beperkte groep (niet core-) genen ook mogelijk.
Bij genpaneldiagnostiek worden niet alle gevonden veranderingen gerapporteerd.
- Voor autosomaal dominante en X-gebonden genen worden de (waarschijnlijk) pathogene varianten en de varianten met onbekende significantie (VUS) gerapporteerd.
- Voor autosomaal recessieve genen is de analyse vooral gericht op de rapportage van (waarschijnlijk) pathogene varianten.
- Bij autosomaal recessieve genen worden varianten met onbekende significantie gerapporteerd als er op het andere allel eveneens een VUS of (waarschijnlijk) pathogene variant wordt gedetecteerd.
Als er geen genpanel beschikbaar is en/of de differentiaal diagnose geen uitkomst biedt, is eventueel genoombrede diagnostiek mogelijk. Voor het aanvragen van genoombrede diagnostiek is verwijzing naar een klinisch geneticus vereist.
Genoombrede analyse - alle genen getest
Bij NGS genoomdiagnostiek worden alle eiwitcoderende genen onderzocht. NGS genoomdiagnostiek kan worden aangevraagd bij extreem heterogene aandoeningen, zoals een verstandelijke beperking of wanneer de differentiaal diagnose geen uitkomst biedt voor gerichte diagnostiek (’diagnose onbekend’). De kracht van NGS genoomdiagnostiek zit vooral in het kunnen toetsen van overervingspatronen, waarvoor ook de analyse van het genetisch materiaal van de ouders noodzakelijk is (trioanalyse). Hiermee kunnen ook de novo varianten (nieuwe varianten) worden gedetecteerd. Nadeel van deze methode is dat er kans is op het detecteren van klinisch onduidelijke bevindingen en op het vinden van onbedoelde/ongevraagde bevindingen met klinische relevantie. Door de complexiteit en de mogelijkheid van nevenbevindingen is bij een whole genome analyse (WGS-analyse) verwijzing naar een klinisch geneticus vereist.
Bij NGS genoomdiagnostiek worden niet alle veranderingen gerapporteerd. Voor de novo- veranderingen worden enkel (waarschijnlijk) deleterious varianten en varianten met onbekende significantie (VUS) gerapporteerd. Voor recessieve veranderingen worden enkel de (waarschijnlijk) deleterious varianten gerapporteerd.