De diagnostiek naar een hepatitis C virus infectie berust op het aantonen van HCV antistoffen in serum. Indien positief moet dit altijd bevestigd worden met een immunblot voor HCV antistoffen. Bij verdenking op een acute infectie kan het zinvol zijn ook HCV-RNA te bepalen, omdat de antistofrespons soms laat op komt. Een positieve HCV serologie dient vervolgd te worden met een HCV PCR bepaling. Voor de evaluatie van de behandelingsmogelijkheden wordt geadviseerd het HCV genotype en de virale load (HCV QRNA) te laten bepalen.
Resistentiebepaling tegen proteaseremmers en NS5A-remmers kunnen ook aangevraagd worden, zie de tabellen hieronder.