Onderzoekers uit de groep van Wouter de Laat (UMC Utrecht en Hubrecht Instituut) ontwikkelden, in samenwerking met biotechnologiebedrijf Cergentis en lymfoomexperts van 5 Nederlandse ziekenhuizen, een nieuwe technologie voor verbeterde opsporing van klinisch relevante chromosomale herschikkingen in tumoren. De methode, FFPE-TLC technologie, belooft de diagnostiek van lymfoom te verbeteren en kan ook relevant zijn voor het opsporen van herschikkingen bij andere kankersoorten zoals sarcoom en long- en prostaatkanker. De studie is op 7 juni gepubliceerd in Nature Communications.

<For English, click here>

Alle cellen in ons lichaam bevatten chromosomen die ons genetisch materiaal dragen. Wanneer er een verandering optreedt in de organisatie van de chromosomen wordt dit een chromosomale herschikking genoemd. Dergelijke herschikkingen kunnen plaatsvinden in de vorm van een translocatie, wat betekent dat een deel van een chromosoom wordt overgebracht naar een ander chromosoom. Andere voorbeelden van chromosomale herschikkingen zijn deleties – een deel van het genetisch materiaal ontbreekt – of duplicaties – een deel van het genetisch materiaal is verdubbeld.

Klinische relevantie
Sommige chromosomale herschikkingen zijn klinisch relevant: ze kunnen leiden tot genetische ziekten of kanker. Lymfoom, een kanker van het lymfestelsel, kan ontstaan door translocaties of andere chromosomale herschikkingen. Het opsporen van deze klinisch relevante genetische veranderingen is belangrijk voor een juiste diagnose van lymfoom. Onderzoekers van de groep van de prof. Dr. Wouter de Laat, als hoogleraar Biomedische Genomica verbonden aan het UMC Utrecht en groepsleider bij het Hubrecht Instituut, ontwikkelden daarom, in samenwerking met Utrechtse biotechnologiebedrijf Cergentis en lymfoomexperts van 5 Nederlandse ziekenhuizen, nieuwe technologie voor het beter kunnen opsporen van dergelijke chromosomale herschikkingen in lymfatische tumoren.

Nieuwe technologie
De technologie, genaamd formalin-fixed, paraffin-embedded targeted locus capture (FFPE-TLC), stelt onderzoekers en pathologen in staat om translocaties en andere chromosomale herschikkingen te detecteren met verhoogde sensitiviteit en specificiteit. Daarnaast ontwikkelden ze het PLIER-algoritme, dat de detectie van deze veranderingen in het genetisch materiaal van patiënten automatiseert. Hiermee verbeteren de onderzoekers de diagnostiek van lymfoom aanzienlijk.

Verbeterde diagnostiek
De studie, deze week gepubliceerd in Nature Communications, analyseerde 149 tumormonsters van patiënten met lymfoom en toont aan dat FFPE-TLC duidelijke voordelen heeft ten opzichte van FISH – de methode voor translocatiedetectie die momenteel het meest gebruikt wordt. FFPE-TLC levert niet alleen meer informatie op, het laat ook een betere gevoeligheid en hogere resolutie zien.

“De FFPE-TLC aanpak belooft de diagnostiek van lymfoom te verbeteren en kan ook relevant zijn voor de detectie van chromosomale herschikkingen bij andere vormen van kanker, zoals sarcoom en long- en prostaatkanker. Onze samenwerking brengt het veld dan ook een grote stap voorwaarts,” besluit Wouter de Laat, hoofdonderzoeker van het project.

Publicatie
Allahyar A, Pieterse M, Swennenhuis J, Los-de Vries GT, Yilmaz M, Leguit R, Meijers RWJ, van der Geize R, Vermaat J, Cleven A, van Wezel T, Diepstra A, van Kempen LC, Hijmering NJ, Stathi P, Sharma M , Melquiond ASJ , de Vree PJP , Verstegen MJAM , Krijger PHL , Hajo K, Simonis M, Rakszewska A, van Min M, de Jong D, Ylstra B, Feitsma H, Splinter E, de Laat W. Robust detection of translocations in lymphoma FFPE samples using targeted locus capture-based sequencing. Nature Communications 2021;12:3361