Terug

Prof. dr. ir. E.P.J.G. Cuppen

Hoogleraar Humane Genetica

T: (+31) 88 756 8312

E:

Aandachtsgebieden

Afdelingen / poliklinieken

Center for Molecular Medicine

Prof.dr. Edwin Cuppen is als Principle Investigator verbonden aan één van de onderzoekscentra van het UMCU, het Center for Molecular Medicine van de divisie Biomedische Genetica.

Edwin Cuppen is professor Humane Genetica bij de divisie Biomedische Genetica.
Professor Cuppen en zijn onderzoeksgroep zijn expert op het gebied van het aflezen van genetisch materiaal en hebben diverse technieken rondom next generation DNA-sequencing ontwikkeld en verbeterd - deze worden toegepast voor zowel onderzoeks- als diagnostische doeleinden. De groep beheert tevens de Utrecht Sequencing Facility, die support levert bij het aflezen van DNA.
Edwin Cuppen is een pionier op het gebied van het persoonlijke genoom en draagt zijn genen niet alleen in zijn eigen cellen, maar ook op zijn iPad met zich mee. Hij levert een bijdrage aan het publieke debat rondom de zin en onzin van personal genomes en over de voorspellende waarde van DNA-informatie.
Cuppen is een wetenschapper ‘nieuwe stijl’ en draagt bij aan diverse consortia, zoals CancerGenomics.nl en een tweetal Stand up 2 Cancer-projecten. Hij is medeoprichter van het landelijk opererende Center for Personal Cancer Treatment en directeur van de Hartwig Medical Foundation in Amsterdam, eveneens een landelijk werkend centrum dat genetische en klinische gegevens van kankerpatiënten uit heel Nederland in één nationale databank verzamelt en hun DNA afleest. Deze nationale samenwerkingen hebben als doel om kankerpatiënten behandelingen op maat te kunnen aanbieden door het DNA in de tumor nauwkeurig te analyseren en om deze ontwikkelingen op verantwoorde wijze toe te passen voor alle kankerpatiënten in Nederland.

Biografie

Nevenfuncties

Prof.dr. Edwin Cuppen, hoogleraar Humane Genetica

Wetenschappelijk onderzoek en publicaties

Key publicaties

  • Blokzijl F, de Ligt J, Jager M, Sasselli V, Roerink S, Sasaki N, Huch M, Boymans S, Kuijk E, Prins P, Nijman IJ, Martincorena I, Mokry M, Wiegerinck CL, Middendorp S, Sato T, Schwank G, Nieuwenhuis EE, Verstegen MM, van der Laan LJ, de Jonge J, IJzermans JN, Vries RG, van de Wetering M, Stratton MR, Clevers H, Cuppen E*, van Boxtel R (2016). Tissue-specific mutation accumulation in human adult stem cells during life. Nature 538(7624):260-264. (IF = 38.6)
  • Prins P, de Ligt J, Tarasov A, Jansen RC, Cuppen E, Bourne PE (2015). Toward effective software solutions for big biology. Nat Biotechnol. 33(7):686-7
  • Huch M, Gehart H, van Boxtel R, Hamer K, Blokzijl F, Verstegen MM, Ellis E, van Wenum M, Fuchs SA, de Ligt J, van de Wetering M, Sasaki N, Boers SJ, Kemperman H, de Jonge J, Ijzermans JN, Nieuwenhuis EE, Hoekstra R, Strom S, Vries RR, van der Laan LJ, Cuppen E, Clevers H (2015). Long-term culture of genome-stable bipotent stem cells from adult human liver. Cell 160(1-2):299-312
  • Behjati S, Huch M, van Boxtel R, Karthaus W, Wedge DC, Tamuri AU, Martincorena I, Petljak M, Alexandrov LB, Gundem G, Tarpey PS, Roerink S, Blokker J, Maddison M, Mudie L, Robinson B, Nik-Zainal S, Campbell P, Goldman N, van de Wetering M, Cuppen E, Clevers H, Stratton MR (2014). Genome sequencing of normal cells reveals developmental lineages and mutational processes. Nature, 513(7518):422-5
  • van Heesch S, Simonis M, van Roosmalen MJ, Pillalamarri V, Brand H, Kuijk EW, de Luca KL, Lansu N, Braat AK, Menelaou A, Hao W, Korving J, Snijder S, van der Veken LT, Hochstenbach R, Knegt AC, Duran K, Renkens I, Alekozai N, Jager M, Vergult S, Menten B, de Bruijn E, Boymans S, Ippel E, van Binsbergen E, Talkowski ME, Lichtenbelt K, Cuppen E, Kloosterman WP (2014). Genomic and functional overlap between somatic and germline chromosomal rearrangements. Cell Rep.;9(6):2001-10.
  • Kettleborough RNW*, Busch-Nentwich EM*, Harvey SA*, Dooley CM, de Bruijn E, van Eeden F, Sealy I, White RJ, Herd C, Nijman IJ, Fényes F, Mehroke S, Scahill C, Gibbons R, Wali N, Carruthers S, Hall A, Yen J, Cuppen E*, Stemple DL* (2013). A systematic genome-wide analysis of zebrafish protein-coding gene function. Nature, 496:494–497
  • Kloosterman WP, Tavakoli-Yaraki M, van Roosmalen MJ, van Binsbergen E, Renkens I, Duran K, Ballarati L, Vergult S, Giardino D, Hansson K, Ruivenkamp CA, Jager M, van Haeringen A, Ippel EF, Haaf T, Passarge E, Hochstenbach R, Menten B, Larizza L, Guryev V, Poot M, Cuppen E (2012). Constitutional chromothripsis rearrangements involve clustered double-stranded DNA breaks and nonhomologous repair mechanisms. Cell Reports 1:648-55
  • Harakalova M, van Harssel JJ, Terhal PA, van Lieshout S, Duran K, Renkens I, Amor DJ, Wilson LC, Kirk EP, Turner CL, Shears D, Garcia-Minaur S, Lees MM, Ross A, Venselaar H, Vriend G, Takanari H, Rook MB, van der Heyden MA, Asselbergs FW, Breur HM, Swinkels ME, Scurr IJ, Smithson SF, Knoers NV, van der Smagt JJ, Nijman IJ, Kloosterman WP, van Haelst MM, van Haaften G, Cuppen E. (2012). Dominant missense mutations in ABCC9 cause Cantú syndrome. Nature Genetics 44:793-6.
  • Kloosterman WP, Guryev V, van Roosmalen M, Duran KJ, de Bruijn E, Bakker SC, Letteboer T, van Nesselrooij B, Hochstenbach R, Poot M, Cuppen E. (2011). Chromothripsis as a mechanism driving complex de novo structural rearrangements in the germline. Hum Mol Genet 20(10):1916-24

Persoonlijke prijzen, subsidies en onderscheidingen

  • European Young Investigator Award 2005
  • NWO Vici 2013